Tuy nhiên công tác quản lý chi phí thi công xây dựng thường rất phức tạp và gặp nhiều khó khăn như:
- Tập hợp và phân bổ chi phí mất nhiều thời gian và thiếu chính xác.
- Không có kế hoạch tài chính, thanh toán rõ ràng nên không chủ động được nguồn vốn trước những biến động của thị trường
- Không tính toán được chính xác tiến độ công trình, thi công dàn trải, công trình thường xuyên chậm tiến độ nên không chủ động được nguồn vốn.

Phần mềm Quản lý thi công công trình (IBOM.PM) bao gồm nhiều chức năng, trong đó có chức năng quản lý chi phí là một trong các giải pháp hoàn hảo giúp các nhà thầu thi công công trình giải quyết các khó khăn được nêu trên.
- Hệ thống IBOM sẽ liên kết dữ liệu định mức vật tư, định mức thiết bị và định mức nhân lực, đồng thời kết hợp với dữ liệu tình hình sử dụng thực tế để tập hợp thành các dạng bảng cáo kiểm soát các nguồn lực. Qua đó sẽ giúp nhà thầu giảm thiểu về thất thoát chi phí vật tư và tiết kiệm tối đa thời gian báo cáo, giám sát vật tư công trình.
- Xây dựng dựng kế hoạch dòng tiền trên phần mềm quản lý chi phí công trình (IBOM.PM) để ước tính doanh thu và chi phí thực hiện công trình. Người quản lý dễ dàng xây dựng và kiểm soát được kế hoạch chi phí cho toàn công trình căn cứ trên kế hoạch thanh toán của các hợp đồng giao khoán, mua vật tư, thuê thiết bị và các khoản mục chi phí khác
- Việc đối chiếu các khoản thu – chi với từng giai đoạn thi công sẽ đem lại hiệu quả cao cho công tác quản lý chi phí dự án. Phần mềm quản lý dự án thi công IBOM.PM cung cấp các tính năng kiểm soát chi phí thực tế trong quá trình thực hiện hợp đồng đến một thời điểm xác định